How2: beliebiger Bilderstack auf die OpenVMS-Maschine des Scanco MicroCT 40 transferieren

Bild ins korrekte Format konvertieren:

Bild(er-Stack) mit ImageJ laden und dort mit 'File' > 'Save as…' > 'Raw Data' speichern.

Dieses .raw-File per FTP auf die OpenVMS-Station verschieben (ftp://dkf38-20.dkf.unibe.ch, Username/Passwort siehe Dokumentation). Am besten klappt dies mit FileZilla unter Windows. (ftp zu dkf38-20, dann oben in der Adressleiste auf DISK2 wechseln)

Laut Andres Laib (SCANCO) müssen die Daten auf DK0:[ANATOMIE.DATA] (dies entspricht DISK2[ANATOMIE.DATA] in FileZilla) und sollen ja nicht auf DISK1!

Konversion in .ISQ-File

Wenn die Daten dann auf dem Tower sind, muss das File erst ins Scanco-Format konvertiert werden: siehe hier (SCANCO-FAQ, User & Passwort siehe Dokumentation) wie das geht…

Ins Data2-Directory wechseln

cd disk2
cd data.dir
dir

dann sollten die per FTP transferierten Bilder zu sehen sein.

IPL starten mit “$ ipl”

ipl> import in DISK2:[ANATOMIE.DATA]FileNamen.raw dann fragt IPL die Parameter ab:

IPL
import
-internal_name [in] >
-file_name [default_filename.raw] > filename.raw
-sample_name [Imported_Sample] > Gold700
-data_offset [0] >
-data_dim [512 512 512] > 1024 1024 493
-data_el_size [0.100 0.100 0.100] >
-bytes_per_voxel [2] > 1 (*1 für 8bit, 2 für 16bit!*)
-data_endian [little_endian] >B
-data_type [integer] >
-signed_type [signed] > unsigned (*wir verwenden im Normalfall unsigned*)
-multifile [false] >

Dies importiert das FIle als [in]. Anschliessend muss das File mit /convert_unsigned von unsigned nach signed konviertiert werden)

convert_unsigned
-input [in] >
-shift_flag [false] >
-divide_by_2 [true] >

anschliessend schreibt der Befehl ipl> toisq in DISK2:[ANATOMIE.DATA]Filenamen.ISQ das File als ISQ-Datei auf den Tower. ACHTUNG: Filename muss gleich wie der 'Standard ISQ-Name' sein. Ein Buchstaben, sieben Zahlen, also z.B. F0001234.ISQ.

Import in die Datenbank

Anschliessend kann das .ISQ-File in die Datenbank importiert werden. Dazu kann analog zu www.scanco.ch/faq_users/doc/import_export/import_020_db_import.html vorgegangen werden.

- Eintrag in der Sample-Datenbank machen.

- Import-Utility starten

“$ import”

Fragen beantworten.

fertig.