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— | psi:widefieldscan [2020/06/10 21:42] (current) – created - external edit 127.0.0.1 | ||
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Line 1: | Line 1: | ||
+ | ~~ODT~~ | ||
+ | ====== WideFieldScans @ TOMCAT ====== | ||
+ | ===== Widefieldscan starten ===== | ||
+ | ==== MATLAB - widefieldscan.m ==== | ||
+ | die aktuellsten Versionen aller MATLAB-Files sollten sich in | ||
+ | / | ||
+ | befinden. | ||
+ | |||
+ | File ' | ||
+ | / | ||
+ | |||
+ | ===== Konsole - widefieldscan_final.py ===== | ||
+ | In Panel BasisFileNamen eingeben und nach Ausrichtung der Probe im Fenster in der Konsole von z.B. x02da-cons-2 | ||
+ | widefieldscan_final.py PreferenceFile | ||
+ | eingeben. Dies startet den Scan via EPICS und fuehrt alle notwendigen SubScans selbstaendig durch. Diese landen dann in den Verzeichnissen ' | ||
+ | < | ||
+ | Evtl. klappt' | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ===== SubScans zusammenstitchen ===== | ||
+ | Im Ordner ~/ | ||
+ | |||
+ | Aus dem ersten Logfile liest das Skript die nötigen Parameter aus, berechnet die Cutline (so dass der User noch intervenieren kann, wenn die Cutline falsch ist) und sortiert die Projektionen so, dass direkt mit sinooffline die Sinogramme berechnet werden können. Das MATLAB-Skript übernimmt dies auch gerade. | ||
+ | |||
+ | Nach dem Resortieren der Projektionen wird auch automatisch das Logfile erstellt, sowie ein Hardlink des Logfiles an die richtige Stelle gemacht. Danach wird von MATLAB ein Konsolenbefehl ausgeloest, der die Sinogramme der betreffenden Projektionen erstellt, so dass nach dem MATLAB-Schritt die Rekonstruktionen im RecoManager kontrolliert werden koennen | ||
+ | |||
+ | <note warning> | ||
+ | Das MATLAB-Skript muss auf ' | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Falls etwas mit dem Logfile oder den Sinogrammen nicht klappt, koennen untenstehende Befehle benutzt werden: | ||
+ | === Logfile hardlinken === | ||
+ | Damit der RecoManager schlussendlich " | ||
+ | $ mkdir / | ||
+ | in der Konsole, um erstmals das Verzeichnis zu erstellen (Pfad anpassen!) und dann mit | ||
+ | $ ln / | ||
+ | den hardlink zu erstellen. Hard links werden gemacht, damit -- auch wenn Path/ | ||
+ | |||
+ | === Sinogramm-Berechnung === | ||
+ | In der Konsole von ' | ||
+ | sinooff_tomcat_j_widefieldscan.py / | ||
+ | die Berechnung der Sinogramme starten. Falls alles geklappt hat mit dem Merging der Projektionen im vorherigen Schritt, einfach warten, dann werden in '/ | ||
+ | |||
+ | ===== Rekonstruktionen ===== | ||
+ | ==== Rekonstruktions-Parameter | ||
+ | mit dem [[http:// | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | ==== Rekonstruktion ==== | ||
+ | Anschliessend müssen die Rekonstruktionen aus der Kommandozeile gestartet werden, der RecoManager kann die Befehle leider nicht direkt übergeben. Dieser Befehl muss von ' | ||
+ | tif2rec_batch_web_grid_cn_orig_zp_widefield.py 3 20 TifDir Rotationszentrum parzen 0 0,0,0,0 1,0.3,10 8,0.01,0.5 0.25 | ||
+ | |||
+ | * tif2rec_batch_web_grid_cn_orig_zp_widefield.py ruft das Skript auf | ||
+ | * 3 20 heisst 'mit Gridrec (Algorithm 3) auf 20 Knoten rekonstruieren | ||
+ | * TifDir ist das Verzeichnis, | ||
+ | * Rotationszentrum ist das Rotationszentrum | ||
+ | * parzen Rekonstruiere mit Parzen-Filter | ||
+ | * 0 0,0,0,0 gibt die Rotation und die ROI an, hier beides 0, also keine Rotation und volles Sichtfeld | ||
+ | * 1,0.3,10 Ring removal Parameter | ||
+ | * 8,0.01,0.5 Rekonstruktion in 8bit Tiffs mit den angegebenen Grenzen | ||
+ | * 0.25 Zeropadding mit einem Viertel der Bildbreite (reicht für widefield gut) | ||
+ | |||
+ | Ein Beispiel eines korrekten Aufrufs ist | ||
+ | / | ||
+ | |||
+ | Am einfachsten geht' | ||
+ | cd / | ||
+ | java -jar DiCoCLient | ||
+ | um den Client zu starten und mit | ||
+ | simu 8 a | ||
+ | exit | ||
+ | um dem allen Knoten des Cluster zu sagen, dass gleichzeitig nur 8 Jobs ausgeführt werden sollen. Dies verhindert grössere Schreib- und Leseorgien auf die Platten, welche die Rekonstruktion extrem verlangsamen. | ||
+ | |||
+ | Anschliessend können alle Rekonstruktionen gleichzeitig an den Cluster übermittelt werden, indem das File mit den Rekonstruktions-Befehlen mit untenstehendem Befehl nacheinander eingegeben wird | ||
+ | bash Reconstruction-tif.txt | ||