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— | microct:stack2vms [2020/06/10 21:42] (current) – created - external edit 127.0.0.1 | ||
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+ | How2: beliebiger Bilderstack auf die OpenVMS-Maschine des [[http:// | ||
+ | ===== Bild ins korrekte Format konvertieren: | ||
+ | Bild(er-Stack) mit ImageJ laden und dort mit ' | ||
+ | |||
+ | Dieses .raw-File per FTP auf die OpenVMS-Station verschieben (ftp:// | ||
+ | |||
+ | Laut Andres Laib (SCANCO) **müssen** die Daten auf DK0: | ||
+ | |||
+ | ===== Konversion in .ISQ-File ===== | ||
+ | Wenn die Daten dann auf dem Tower sind, muss das File erst ins Scanco-Format konvertiert werden: siehe [[http:// | ||
+ | |||
+ | Ins Data2-Directory wechseln | ||
+ | cd disk2 | ||
+ | cd data.dir | ||
+ | dir | ||
+ | dann sollten die per FTP transferierten Bilder zu sehen sein. | ||
+ | |||
+ | IPL starten mit "$ ipl" | ||
+ | |||
+ | ipl> import in DISK2: | ||
+ | dann fragt IPL die Parameter ab: | ||
+ | IPL | ||
+ | import | ||
+ | -internal_name | ||
+ | -file_name | ||
+ | -sample_name | ||
+ | -data_offset | ||
+ | -data_dim | ||
+ | -data_el_size | ||
+ | -bytes_per_voxel | ||
+ | -data_endian | ||
+ | -data_type | ||
+ | -signed_type | ||
+ | -multifile | ||
+ | |||
+ | Dies importiert das FIle als [in]. Anschliessend muss das File mit / | ||
+ | |||
+ | convert_unsigned | ||
+ | -input | ||
+ | -shift_flag | ||
+ | -divide_by_2 | ||
+ | |||
+ | |||
+ | anschliessend schreibt der Befehl ipl> toisq in DISK2: | ||
+ | |||
+ | ===== Import in die Datenbank ===== | ||
+ | Anschliessend kann das .ISQ-File in die Datenbank importiert werden. Dazu kann analog zu www.scanco.ch/ | ||
+ | |||
+ | - Eintrag in der Sample-Datenbank machen. | ||
+ | |||
+ | - Import-Utility starten | ||
+ | |||
+ | "$ import" | ||
+ | |||
+ | Fragen beantworten. | ||
+ | |||
+ | fertig. |