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microct:stack2vms [2013/07/04 08:45] (current)
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 +How2: beliebiger Bilderstack auf die OpenVMS-Maschine des [[http://​dkf38-20.dkf.unibe.ch/​~anatomie/​|Scanco MicroCT 40]] transferieren
  
 +===== Bild ins korrekte Format konvertieren:​ =====
 +Bild(er-Stack) mit ImageJ laden und dort mit '​File'​ > 'Save as...' > 'Raw Data' speichern.
 +
 +Dieses .raw-File per FTP auf die OpenVMS-Station verschieben (ftp://​dkf38-20.dkf.unibe.ch,​ Username/​Passwort siehe Dokumentation). Am besten klappt dies mit FileZilla unter Windows. (ftp zu dkf38-20, dann oben in der Adressleiste auf DISK2 wechseln)
 +
 +Laut Andres Laib (SCANCO) **müssen** die Daten auf DK0:​[ANATOMIE.DATA] (dies entspricht DISK2[ANATOMIE.DATA] in FileZilla) und sollen ja nicht auf DISK1!
 +
 +===== Konversion in .ISQ-File =====
 +Wenn die Daten dann auf dem Tower sind, muss das File erst ins Scanco-Format konvertiert werden: siehe [[http://​www.scanco.ch/​faq_users/​doc/​import_export/​import_015_raw_import.html|hier]] (SCANCO-FAQ,​ User & Passwort siehe Dokumentation) wie das geht...
 +
 +Ins Data2-Directory wechseln
 +  cd disk2
 +  cd data.dir
 +  dir
 +dann sollten die per FTP transferierten Bilder zu sehen sein.
 +
 +IPL starten mit "$ ipl"
 +
 +ipl> import in DISK2:​[ANATOMIE.DATA]FileNamen.raw
 +dann fragt IPL die Parameter ab:
 +  IPL
 +  import
 +  -internal_name ​    [in] > 
 +  -file_name ​        ​[default_filename.raw] > filename.raw
 +  -sample_name ​      ​[Imported_Sample] > Gold700
 +  -data_offset ​      [0] >
 +  -data_dim ​         [512 512 512] > 1024 1024 493
 +  -data_el_size ​     [0.100 0.100 0.100] >
 +  -bytes_per_voxel ​  [2] > 1  (*1 für 8bit, 2 für 16bit!*)
 +  -data_endian ​      ​[little_endian] >B
 +  -data_type ​        ​[integer] >
 +  -signed_type ​      ​[signed] > unsigned (*wir verwenden im Normalfall unsigned*)
 +  -multifile ​        ​[false] >
 +
 +Dies importiert das FIle als [in]. Anschliessend muss das File mit /​convert_unsigned von unsigned nach signed konviertiert werden)
 +
 +  convert_unsigned
 +  -input ​            [in] >
 +  -shift_flag ​       [false] >
 +  -divide_by_2 ​      ​[true] >
 +
 +
 +anschliessend schreibt der Befehl ipl> toisq in DISK2:​[ANATOMIE.DATA]Filenamen.ISQ das File als ISQ-Datei auf den Tower. ACHTUNG: Filename muss gleich wie der '​Standard ISQ-Name'​ sein. Ein Buchstaben, sieben Zahlen, also z.B. F0001234.ISQ.
 +
 +===== Import in die Datenbank =====
 +Anschliessend kann das .ISQ-File in die Datenbank importiert werden. Dazu kann analog zu www.scanco.ch/​faq_users/​doc/​import_export/​import_020_db_import.html vorgegangen werden.
 +
 +- Eintrag in der Sample-Datenbank machen.
 +
 +- Import-Utility starten
 +
 +"$ import"​
 +
 +Fragen beantworten.
 +
 +fertig.