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acinarsize [2013/07/04 08:45] (current)
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 +Dies ist/wird eine Anleitung für [[http://​www.ana.unibe.ch/​team/​teamdetail_d.jsp?​file=teamdetail&​person=yao|Eveline]],​ wie die Alveolen in den Acini zu zählen sind.
  
 +====== Alveolen zählen ======
 +Die Alveolen werden mit dem [[http://​stepanizer.com/​|STEPanizer]] gezählt. Um die Alveolen zu zählen, muss die Beta-Version mit aktiviertem Disector verwendet werden (unterer "​Start"​-Link).
 +
 +===== Proben-"​Standorte"​ =====
 +  * Probe 60A wurde nicht gemessen
 +  * Probe [[\\130.92.22.49\SLS\2010c\R108C60B_B1_mrg|60B]] wurde in Beamtime [[\\130.92.22.49\SLS\2010c|2010c]] gemessen
 +  * Probe [[\\130.92.22.49\SLS\2010a\mrg\R108C60C_B1-mrg|60C]] wurde in Beamtime [[\\130.92.22.49\SLS\2010a|2010a]] gemessen
 +  * Probe [[\\130.92.22.49\SLS\2009f\mrg\R108C60Dt-mrg|60D]] wurde in Beamtime [[\\130.92.22.49\SLS\2009f|2009f]] gemessen
 +  * Probe [[\\130.92.22.49\SLS\2009f\mrg\R108C60Et-mrg|60E]] wurde in Beamtime [[\\130.92.22.49\SLS\2009f|2009f]] gemessen
 +
 +===== Bilder exportieren mit DICOMReader =====
 +<​note>​Wurde schon gemacht</​note>​
 +<note tip>
 +  * Acini sind auf R gespeichert
 +  * wurden mit MATLAB-Skript [[acinarsize:​DICOMReader]] exportiert.
 +  * in jedem Verzeichnis liegen die Daten zum auszählen in Unter-Ordnern namens "​acinus01",​ etc.
 + </​note>​
 +  ​
 +Die DICOM-Bilder,​ die aus MeVisLab exportiert wurden, werden mit dem Skript in JPG-Bilderstapel exportiert, die mit dem STEPanizer geladen werden können. Das Skript ([[acinarsize:​DICOMReader]]) exportiert (bei Option Disector=1 auf Zeile 20) die Slices aus den Originaldaten mit definierbarer Disector-Dicke und Slice-Abstand.
 +
 +{{  :​disectorerklaerung.png?​150|}}Die Erklärung der Parameter //​DisectorThickness//​ und //​SliceDistance//​ (auf Zeilen 21 und 22) ist im Bild rechts zu sehen (Oder in diesem {{disectorerklaerung.pdf|pdf hier}}, das mit [[acinarsize:​disectorerklaerung|diesem LaTeX-File]] erstellt wurde).
 +
 +Das Skript exportiert für jeden Aufruf alle einzelnen Acini in Unterordner im Originalverzeichnis der Probe, die im Ordnernamen die Details der Parameter enthalten, also z.B. 
 +
 +  ...\R108C60B_B1_mrg\acinus01\voxelsize1.48-every10slice-DisectorThickness-4.44um-or3slices\
 +  ...\R108C60B_B1_mrg\acinus01\voxelsize1.48-every6slice-DisectorThickness-7.40um-or5slices\
 +  ...\R108C60B_B1_mrg\acinus01\voxelsize1.48-every10slice-DisectorThickness-4.44um-or3slices\
 +
 +je nachdem, was für Parameter beim Aufruf eingegeben wurden.
 +
 +Im Gespräch mit Stefan hat sich gezeigt, dass eine //​DisectorThickness//​ von 3 Slices und eine //​SliceDistance//​ von 10 Slices gut ist. Ich habe **alle** extrahierten Acini der Tiere von Tag 60 mit diesen Parametern auf das Laufwerk R geschrieben. Die einzelnen Links sind oben bei Proben-"​Standorte"​ ersichtlich. In diesen Verzeichnissen hat's jeweils pro Acinus einen Unterordner "​acinusX",​ der nebst dem Verzeichnis //​voxelsize1.48-every6slice//,​ welches für die Volumenbestimmung der Acini verwendet wurde, ein Verzeicznis //​voxelsize1.48-every10slice-DisectorThickness-4.44um-or3slices//,​ welches die Daten enthält, welche mit den oben beschriebenen Parametern gespeichert wurden.
 +
 +===== STEPanizer =====
 +{{  :​stepanizer.png?​300|}}Im STEPanizer müssen die Bilder geladen werden, die Parameter eingestellt und überprüft werden, und anschliessend kann gezählt werden. Ich habe das immer ensprechend dem Bild rechts und dem Ablauf unten gemacht.
 +  - Browse - Mit //Browse// wird der Ordner des Acinus ausgewählt,​ der gezählt werden soll. Am besten wird das erste Bild im gewünschten Ordner angeklickt.
 +  - Check - Mit //Check// kann überprüft werden, ob die Einstellungen des Testsystems stimmen. Für die Zählung der Alveolen brauchen wir kein Zählsystem,​ das //Check// dient also nur dazu, das Bild erstmal korrekt zu laden
 +  - Scale - {{  :​stepanizer.scale.png?​100|}}**WICHTIG** Bei jedem neuen Acinus **muss** mit //Scale// der Massstab korrekt eingestellt werden. Mit der Maus kann unten links am 100 <​html>&#​181</​html>​m langen Scalebar die Vergrösserung eingestellt werden. Schauen, ob die richtige Länge eingegeben wird und mit //Scale ok// bestätigen.
 +  - Batch Mode Enable und Disector - Mit diesen beiden Feldern wird eingestellt,​ dass flink viele Bilder im Disector-Modus durchgezählt werden können. Am einfachsten wird der Dateinamen aus dem //Image Name// oben kopiert und hier eingefügt. Dann zuhinterst alles löschen bis zum zweitletzten "​_"​. In dem im Bild angegebenen Fall würde im //Image name prefix:// "​R108C60B_B1_mrg-acinus01_"​ eingegeben. Im //Start#// und //​End#//​-Feld wird angegeben, welche Bilder ausgezählt werden. Beim im Bild angegebenen Fall (Probe 60B, Acinus 1) von Bild 1 bis 84 (oder 85, das ist nicht schlimm :)
 +  - Counting - Mit //​Counting//​ wird das zählen gestartet. Das haben wir zusammen angeschaut.
 +  - Export - Mit //Export// werden **nach** dem zählen die Daten exportiert, siehe unten.
 +
 +===== Auswertung =====
 +Nach dem auszählen mit dem STEPanzizer wird mit dem //​Export//​-Knopf eine [[https://​secure.wikimedia.org/​wikipedia/​de/​wiki/​CSV_%28Dateiformat%29|.csv-Datei]] in das Verzeichnis des gerade gezählten Acinus geschrieben. Diese Datei kann einfach durch Doppelklick in Excel geöffnet werden, so dass die gezählten Brücken einfach in eine gesammelte Tabelle exportiert werden können.
 +
 +Die Anzahl der Alveolen pro Acinus kann mit untenstehender Formel ausgerechnet werden.
 +<​html>​
 +<a href="​http://​www.codecogs.com/​eqnedit.php?​latex=\text{Number of Alveoli} = \frac{\Sigma\text{Bridges}}{2Vol_{\text{Acinus}}}"​ target="​_blank"><​img src="​http://​latex.codecogs.com/​gif.latex?​\text{Number of Alveoli} = \frac{\Sigma\text{Bridges}}{2Vol_{\text{Acinus}}}"​ title="​\text{Number of Alveoli} = \frac{\Sigma\text{Bridges}}{2Vol_{\text{Acinus}}}"​ /></​a>​
 +</​html>​
 +
 +Die Volumina der einzelnen Acini sind immer in den Dateinamen der [[wp>​DICOM]]-Bilder angegeben. So ist z.B. der erste Acinus der Probe 60B, der oben im STEPanizer-Fenster angegeben wurde, mit dem Filenamen
 +  R:​\SLS\2010c\R108C60B_B1_mrg\R108C60B_B1_mrg.2948.2948.1024.gvr.acinus1.volume0.30373824.pixelsize0.00148000009357929.dcm
 +auf der Festplatte gespeichert.
 +
 +Das heisst, ​
 +  * die Probe //​R108C60B//​ wurde in der Beamtime //2010c// als stacked Widefieldscan gemessen. //B1// ist die oberste Schicht von drei Schichten des Stacks, //mrg// zeigt an, dass wir die Probe als WideFieldScan gemessen haben.
 +  * die Originaldatei ist 2948x2948x1024 Pixel gross
 +  * das mit MeVisLab bestimmtes Volumen des ersten Acinus ist 0.30373824 <​html>&#​181</​html>​l,​ bei einem Pixelsize von 0.00148 mm, was 1.48 <​html>&#​181</​html>​m entspricht. Die überzähligen Nachkommastellen kommen von interner Rundung und können vernachlässigt werden, die Pixelgrösse ist fix 1.48 <​html>&#​181</​html>​m.
 +
 +Die Volumina habe ich in einer [[\\130.92.22.10\Gruppe_Schittny\doc\David\AcinarVolumes.xls|XLS-Tabelle]] zusammengetragen,​ die auch auf dem U: gespeichert ([[\\u:​\Gruppe_Schittny\doc\David\AcinarVolumes.xls]]) und in meinem Laborbuch abgelegt ist. Dies Tabelle habe ich mit diesem [[acinarsize:​volumentabellierer|MATLAB-File]] erstellt, welches die Filenamen ausliest und in einer Tabelle zusammenträgt,​ so muss das nicht mehr von Hand gemacht werden. Diese Tabelle enthält **alle** mit MeVisLab gemessenen Acinus-Volumina von Tag 60.
 +
 +<​note>​
 +Bei verschiedenen Acini habe ich das Volumen, welches mit MeVisLab automatisch anhand der Segmentierung bestimmt wurde, mit dem STEPanizer anhand der [[http://​www.stereology.info/​cavalieri-estimator/​|Cavalieri-Methode]] kontrolliert. Dieser Vergleich ist in [[\\130.92.22.10\Gruppe_Schittny\doc\David\AcinusGrössenVergleichSTEPanizer.xls|diesem Excel-File]] zu finden ([[\\u:​\Gruppe_Schittny\doc\David\AcinusGrössenVergleichSTEPanizer.xls]]). Bei einem evtl. gewünschten Vergleich der MeVis-Messung mit dem STEPanizer ist es wichtig zu schauen, von welchen Acini das Volumen bisher schon ausgezählt wurde, es wurden bei weitem nicht alle stereologisch vermessen!
 +</​note>​
 +
 +Mit der untenstehenden Formel wurde aus den Points, die innerhalb der segmentierten Acni gezählt wurden, das Volumen derselben bestimmt. Diese Daten wurden in einem XLS-File zusammengetragen,​ damit der vergleich zwischen MeVisLab und dem STEPanizer gemacht werden konnte. Dieses XLS-File ist noch auf meinem P-Laufwerk zu finden (AcinusGrössenVergleichSTEPanizer.xls),​ das es für diese Messung nicht relevant ist, habe ich es nicht aufs U-Laufwerk kopiert.
 +
 +<​html>​
 +<a href="​http://​www.codecogs.com/​eqnedit.php?​latex=Vol_{\text{Acinus}}=\Sigma(\text{Counts})*a(p)*\text{Slice Interval}*\text{Slice Distance}*10^9"​ target="​_blank"><​img src="​http://​latex.codecogs.com/​gif.latex?​Vol_{\text{Acinus}}=\Sigma(\text{Counts})*a(p)*\text{Slice Interval}*\text{Slice Distance}*10^9"​ title="​Vol_{\text{Acinus}}=\Sigma(\text{Counts})*a(p)*\text{Slice Interval}*\text{Slice Distance}*10^9"​ /></​a>​
 +</​html>​.