How2: beliebiger Bilderstack auf die OpenVMS-Maschine des [[http://dkf38-20.dkf.unibe.ch/~anatomie/|Scanco MicroCT 40]] transferieren

===== Bild ins korrekte Format konvertieren: =====
Bild(er-Stack) mit ImageJ laden und dort mit 'File' > 'Save as...' > 'Raw Data' speichern.

Dieses .raw-File per FTP auf die OpenVMS-Station verschieben (ftp://dkf38-20.dkf.unibe.ch, Username/Passwort siehe Dokumentation). Am besten klappt dies mit FileZilla unter Windows. (ftp zu dkf38-20, dann oben in der Adressleiste auf DISK2 wechseln)

Laut Andres Laib (SCANCO) **müssen** die Daten auf DK0:[ANATOMIE.DATA] (dies entspricht DISK2[ANATOMIE.DATA] in FileZilla) und sollen ja nicht auf DISK1!

===== Konversion in .ISQ-File =====
Wenn die Daten dann auf dem Tower sind, muss das File erst ins Scanco-Format konvertiert werden: siehe [[http://www.scanco.ch/faq_users/doc/import_export/import_015_raw_import.html|hier]] (SCANCO-FAQ, User & Passwort siehe Dokumentation) wie das geht...

Ins Data2-Directory wechseln
  cd disk2
  cd data.dir
  dir
dann sollten die per FTP transferierten Bilder zu sehen sein.

IPL starten mit "$ ipl"

ipl> import in DISK2:[ANATOMIE.DATA]FileNamen.raw
dann fragt IPL die Parameter ab:
  IPL
  import
  -internal_name     [in] > 
  -file_name         [default_filename.raw] > filename.raw
  -sample_name       [Imported_Sample] > Gold700
  -data_offset       [0] >
  -data_dim          [512 512 512] > 1024 1024 493
  -data_el_size      [0.100 0.100 0.100] >
  -bytes_per_voxel   [2] > 1  (*1 für 8bit, 2 für 16bit!*)
  -data_endian       [little_endian] >B
  -data_type         [integer] >
  -signed_type       [signed] > unsigned (*wir verwenden im Normalfall unsigned*)
  -multifile         [false] >

Dies importiert das FIle als [in]. Anschliessend muss das File mit /convert_unsigned von unsigned nach signed konviertiert werden)

  convert_unsigned
  -input             [in] >
  -shift_flag        [false] >
  -divide_by_2       [true] >


anschliessend schreibt der Befehl ipl> toisq in DISK2:[ANATOMIE.DATA]Filenamen.ISQ das File als ISQ-Datei auf den Tower. ACHTUNG: Filename muss gleich wie der 'Standard ISQ-Name' sein. Ein Buchstaben, sieben Zahlen, also z.B. F0001234.ISQ.

===== Import in die Datenbank =====
Anschliessend kann das .ISQ-File in die Datenbank importiert werden. Dazu kann analog zu www.scanco.ch/faq_users/doc/import_export/import_020_db_import.html vorgegangen werden.

- Eintrag in der Sample-Datenbank machen.

- Import-Utility starten

"$ import"

Fragen beantworten.

fertig.